Dieses Projekt wird durch den Europäischen Fonds für regionale Entwicklung und Interreg V-A Italia-Österreich 2014-2020 gefördert.

https://www.keep.eu/project/23676/epigenetics-of-immunity-in-cancer

https://uni-salzburg.elsevierpure.com/de/projects/epigenetic-regulation-of-immunity-in-cancer

http://www.interreg.net/de/progettazione.asp

https://qui.uniud.it/notizieEventi/ricerca-e-innovazione/epic-la-ricerca-sul-cancro-ha-un-alleato-in-piu

2024-03-22
Publikation

Es ist nun mehr als ein Jahr her, daß das EPIC Projekt abgeschlossen wurde, dennoch gab es noch einiges an Daten zu analysieren. Unsere ehemalige Projektangestellte Dr. Kerschbamer wechselte in unser Partnerlabor in Udine und führte dort ihre Arbeit unter Mitwirkung von Dr. Gagliano fort. Dabei ging es um Änderungen in der Zugänglichkeit von DNA in Patienten mit Dickdarmkrebs, die durch HDAC Inhibitoren herbeigeführt wurden. Die Ergebnisse dieser Studie wurden anfang März als Artikel in dem Journal Biomedicine & Pharmacotherapy veröffentlicht

2023-11-09
Es geht weiter!

Am 20. Oktober wurde vom Zentralsekretariat in Bozen/Bolzano die Liste der ausgewählten Projektvorschläge der aktuellen Finanzierungsrunde veröffentlicht.

Und unser SENECA Projekt war darauf! Wir sind daher am Vorbereiten für den Projektstart und werden am neuen SENECA Blog Neuigkeiten zur Verfügung stellen.

2023-04-19
Wird es eine Fortsetzung geben?

Heute zu Mittag war der Abgabetermin für Projektvorschläge in der ersten Runde des neuen Interreg VI-A IT-AT 2021-2027 Programms. Mit unserem immer noch aktiven Partnernetzwerk haben wir das SENECA Projekt eingereicht: es gilt, den Einfluß eines alternden Zellsystems, im speziellen einem alternden Immunsystem, auf die Bildung von Krebs zu charakterisieren. Es gibt bereits Arzneimittel, die diesen Alterungsprozeß entgegenwirken, und in einem zweiten Schritt wollen wir diese Arzneimittel optimieren und deren Auswirkungen auf Zellniveau umfassend untersuchen. Daumen halten!

2023-02-07
Publikation

Trotz des offiziellen Projektendes war der Jänner noch ein recht dicht gepackter Monat für die EPIC Partner. Wir verfaßten den Jahresbericht und überarbeiteten ein Manuskript über akute myeloische Leukämie (AML), das von Jutta Horejs-Hoecks Labor in Salzburg vorangetrieben wurde. Wir freuen uns mitzuteilen, daß diese Arbeit über HDAC Inhibitoren in AML Zelllinien heute in der Fachzeitschrift Cancers publiziert wurde.

2023-01-16
Projektende

Das Projekt EPIC wurde mit dem Jahreswechsel 2022/23 offiziell beendet. Wir arbeiten derzeit an dem Jahresabschluß des Projekts und an einigen Publikationen. Kleinere Updates werden hier weiterhin veröffentlicht.

2022-11-06
Wiedersehen in Bozen

Es war am 21. Oktober 2019, als das EPIC Projektteam sich das erste Mal in Udine getroffen hatte. Keiner konnte damals ahnen, daß das nächste persönliche Treffen erst in drei Jahren sein würde. Am 4. und 5. November dieses Jahres war es endlich soweit: wir waren sehr erfreut uns endlich im NOI Tech Park vis à vis gegenüberzustehen und auch das neu bezogene Gebäude des Instituts für Biomedizin zu besichtigen. Das Programm war vollgepackt mit Vorträgen und Diskussionen, die auch noch beim abendlichen Törggelen am Oberfinserhof in Waidbruck/Lajen weitergingen. Das EPIC Projekt endet zwar mit Dezember 2022, wir sind jedoch bereit, am baldigen Interreg IT-AT Aufruf ein Nachfolgeprojekt einzureichen.

2022-10-28
EPIC workshop in Bozen

Am Freitag und Samstag, den 4. und 5. November treffen wir uns gemeinsam zu unserem letzten EPIC Workshop bevor das Project zu Ende geht. Der Workshop wird im NOI in Bozen abgehalten und wir freuen uns auf spannende wissenschaftliche Diskussionen und persönlichen Austausch mit den Mitgliedern unseres Netzwerks.

2022-09-01
Eine Geschichte über Krebsforschung

Aufgrund unserer Pressemitteilung Ende März dieses Jahres wurden wir von Nicole Dominique Steiner kontaktiert, ihrerseits Chefredakteurin von "Die Chance"/"La Chance", das Organ der Krebshilfe Südtirol. Das Resultat ist eine Geschichte über Krebsforschung aus der Perspektive von Krebspatienten und wurde in der Ausgabe August 2022 (oder Archiv 2022) veröffentlicht.

2022-03-22
Publikation

Ein pharmakologischer Wirkstoff namens "NKL54" verändert das epigentische Programm in Leiomyosarkomzellen: Nucleid Acids Research (NAR) hat unsere Publikation angenommen und gestern ging sie in Druck. Ihr möchtet mehr darüber erfahren ohne die ganze Publikation zu lesen? Gerne, wir haben eine englische Version, und für unseren deutschsprachigen und italienischsprachigen Leser gibt es eine Pressemitteilung.

2022-01-13
EPIC im letzten Jahr

Willkommen im Jahr 2022, das Jahr in dem das EPIC Projekt endet. Unsere Gedanken befassen sich jedoch (noch) nicht mit dem Projektende. Vor kurzem haben wir unser stark überarbeitetes Manuskript beim Journal Nucleic Acids Research (NAR) eingereicht (siehe auch Blogeintrag von 2021-07-26). Weiters wurde unsere Zusammenarbeit mit der Immunologiegruppe in Salzburg aufgefrischt: ein Massenspektroskopieexperiment untersucht wie sich die Proteinproduktion in akute myeloische Leukämie (AML) Zellen unter Beigabe von HDAC Inhibitoren verändert.

2021-10-22
Danke für euren Besuch im NOI

Schön, so viele interessierte Besucher auf unserem EPIC Stand im NOI Techpark am Freitag und Samstag getroffen zu haben. Wir sprachen mit vielen wissensbegierigen Schülern und bekamen interessante Fragen aus einem breiten Publikum gestellt. Danke an Emanuela Kerschbamer für ihr Engagement im italischen Teil unserer deutsch-italienischen Präsentationen. Weiters haben wir unsere beiden Kurzfilme zum download: Film histone-dna.mp4 zeigt ein Nukleosom, wo um Histonproteine die DNA gewickelt ist. Film hdac-saha.mp4 zeigt ein HDAC Protein, dessen katalytisches Zentrum von Inhibitor SAHA blockiert wird. Beide Filme werden am besten in einer Endlosschleife in eurem Videowiedergabeprogramm abgespielt.

2021-10-13
EPIC auf der NOI Projektmesse

Neugierig geworden? Ihr möchtet mehr wissen und mit uns reden? Die EFRE Jahresmesse am 22. Oktober ist die perfekte Gelegenheit uns zu treffen, wir befinden uns auf Stand 13. Bis bald.

2021-08-10
EPIC Projekt wird verlängert

Heute erhielten wir das OK unsere Interreg Fondsagentur: wir können das EPIC Projekt um neun Monate verlängern, das neue Ende ist nun der 31. Dezember 2022. Das sind grandiose Neuigkeiten und wir freuen uns darauf, die verlorene Zeit nachzuholen, die durch Schließungen und Verlangsamerungen während der Pandemie verlorengegangen ist.

2021-07-26
Einreichung unseres Manuskripts

Geschafft, wir haben das Manuskript zur Begutachtung eingeschickt. Es geht um die zelluläre Antwort auf verschiedene HDAC Inhibitoren unter dem Blickwinkel von RNA-seq, ChIP-seq, und weiteren chemischen Experimenten. Es ist ein sehr umfassende Arbeit, in der wir uns zum Schluß auf einen kleinen Inhibitor namens NKL54 spezialisiert haben. Daher haben wir uns entschlossen, die Publikationslatte hoch anzusetzen und schickten die Arbeit an das Journal Nucleic Acids Research (NAR). Daumen halten!

2021-07-19
Dritter virtueller Workshop mit allen Partnern

Heute fand unser dritter überregionaler Workshop statt. Die Projektpartner von Udine und Salzburg präsentierten deren Aktivitäten, aber leider war von Triest aufgrund von Krankheit niemand im Meeting vertreten. Wir wünschen gute Besserung und freuen uns auf einen Nachholtermin. Dr. Kerschbamer machte eine umfassende Präsentation ihrere Beiträge zum RNA-seq Manuskript sowie zwei weitere kleinere Projekte mit den Immunologen in Salzburg. Das Tolle war hier, daß das erstere das zweitere vorantrieb: die Einsichten vom RNA-seq Experiment wurden auf der immunologischen Seite angewandt!

2021-07-09
Ankündigung Herbstsymposium

Wir bereiten derzeit ein Onlinesymposium mit freiem Zugang vor. Das Symposium findet am 5. Oktober 2021 um 14:00 MEZ statt, es werden fünf Vorträge gehalten. Weitere Informationen kommen demnächst im Blog hier.

2021-05-28
Verwaltungsaufgaben

Die meisten stellen sich Wissenschafter als Leute vor Labortischen vor, die Experimenten nachgehen oder vor dem Computer theoretische Probleme zu lösen versuchen. Was auch meistens der Fall ist. Wissenschaft muß jedoch auch verwaltet werden. Planung, Koordination und Berichterstattungen an die Interessenträger sind die Aufgaben, die am (heimischen) Bürotisch zu erledigen sind. Da nun EPIC von Interreg V-A Italien-Österreich, einem regionalen EU Fonds, finanziert wird, gibt es selbstverständlich Interesse vonseiten dieser Behörde an unseren Aktivitäten. Schreitet das Projekt planmäßig voran? Ziehen die Partner alle am gleichen Strang? Wie wird das Budget verwendet? Alle sechs Monate werden daher von allen Projektpartnern (unter Koordination des Lead Partners in Udine) Fortschrittsberichte zur Evaluation an die regionalen Behörden gesendet. Und genau das ist unsere Tätigkeit am Ende Mai: wir erstatten einen formalen Fortschrittsbericht des EPIC Projekts.

2021-05-18
Alles Gute zum ersten Jahr, Emanuela!

Heute ist ein spezieller Tag: Dr. Kerschbamer startete genau vor einem Jahr im EPIC Projekt.

2021-02-04/02-23/04-01/04-16
Online Meetings mit unseren Partnern aus Udine

Zeit zum Schreiben einer Publikation. Wir hatten dieses Jahr bereits eine Folge von Onlinemeetings mit dem Lead Partner in Udine, welcher die treibende Kraft hinter dem Artikel ist. Wir interpretieren die Änderung der Genexpression in Leiomyosarkom-Zellen unter Einwirkung verschiedenen Klassen von HDAC Inhibitoren, was Gegenstand unserer vorigen RNA-seq Analysen war. Wir haben unter Umständen einige vielversprechende Genkandidaten, aber das müssen wir noch etwas vertiefen. Es schaut zumindest so aus, als hätten wir diese Tage eine spannende Labor/Bioinformatik-Publikation am Entstehen.

2020-12-23
Online Meeting mit unseren Partnern aus Udine

Letzter Arbeitstag in diesem Jahr und immer noch mitten im EPIC Projekt mit einem weiteren Meeting. Heute ging es viel um die Überlappungen in der Genexpression zwischen verschiedenen HDAC Inhibitoren. Es ist interessant, wie schnell sich die Genexpression nach nur 6 Stunden ab Inhibition ändert. Möglich, daß wir damit eine erste einfache HDACi Signatur finden können.

2020-12-11
Online Meeting mit unseren Partnern aus Udine

Anfang Oktober erhielten wir die ersten RNA-seq Daten aus Udine. Einige Proben mußten resequenziert werden, jetzt ist aber Zeit sich über den Datensatz mehr im Detail zu unterhalten, als es im virtuellen Workshop möglich war. Heute verglichen wir zwei ergänzende Ansätze, diese Daten zu analysieren and einigten uns auf die nächsten Schritte. Weiters soll es noch ein neues Treffen mit Udine vor Weihnachten geben.

2020-12-03
Zweiter virtueller Workshop mit allen Partnern

Heute gab es den zweiten Workshop mit allen Netzwerkpartnern, im virtuellen Raum natürlich. In Summe wurden sieben Vorträge während des vierstündigen Treffens präsentiert. Es ist schön zu sehen, wie die verschiedenen Projekte auf das übergeordnete Ziel der HDAC Inhibition konvergieren. Dr. Kerschbamer faßte die Ergebnisse unserer laufenden Zusammenarbeit mit den Salzburgern zusammen, um dann im Detail eine RNA-seq Analyse zu beschreiben, bei der sie die zelluläre Reaktion auf HDAC Inhibition eines von Udine generierten Datensatzes beschrieb.

2020-10-21
Online Meeting mit unseren Partnern aus Salzburg

Während unserem monatlichen Treffen mit den Partnern aus Salzburg entdeckten wir ein interessantes Experiment, mit dem wir unsere kürzlich durchgeführte Transkriptionsfaktoranalyse, die wir hier auch präsentierten, einbringen können.

2020-10-08
Der erste Datensatz ist angekommen

Aus Udine sind soeben die ersten Transkriptomdaten eingetroffen. Der Datensatz beinhaltet Experimente mit mehreren HDAC Inhibitoren und den Zustand der RNA Produktion nach 6 und 24 Stunden ab Inhibition.

2020-09-16
Online Meeting mit unseren Partnern aus Salzburg

Ab in die nächste Runde des wissenschaftlichen Austauschs mit unseren Laborpartnern aus Salzburg. Diesmal präsentierte Dr. Kerschbamer ihre Testläufe einer Software, die Immunzelltypen in einer Mixtur von RNA-sequenzierten Zellen erkennt und zuweist. In diesem Fall haben wir Darmkrebsproben genommen. Weiters demonstrierte sie, wie man unsere Liste von Immunsystemgenen verwenden kann, um damit die Resultate von differenziellen Genexpressionsdaten einzuschränken.

2020-08-05
Poster ist angekommen

Auch wenn die meisten von uns in deren Büros zuhause sind, sind wir auch von Zeit zu Zeit an unserem Arbeitsplatz an der Eurac. Am heutigen Tag waren wir in der Arbeit und zufälligerweise wurde auch unser EPIC Poster druckfrisch angeliefert.

2020-08-05
Nächstes online Meeting mit unseren Partnern aus Salzburg

Unser Ziel ist, sich monatlich mit unseren Netzwerkpartnern aus Salzburg zu treffen. Heute war der Tag des Nachfolgetreffens und Dr. Kerschbamer hielt einen Vortrag über Expression von Immunsystemgenen in diversen Gewebearten, die von Krebs befallen sind.

2020-07-15
Intensivierung der Zusammenarbeit mit Salzburg

Nach unserem letzten Treffen mit allen Partnern wurde uns bewußt, daß die Netzwerkpartner in Salzburg einige interessante wissenschaftliche Fragen haben, die wir hier in Bozen angehen können. Somit gab es heute das erste Online-Treffen zwischen Bozen und Salzburg, die Nord-Südachse des Netzwerks bekräftigend. In diesem Treffen vertieften wir unseren Kontakt und begannen besser zu verstehen, an welchen Problemen die Salzburger Gruppen derzeit arbeiten. Dr. Kerschbamer sprach über die Fortschritte in ihrer Arbeit seit dem Partnertreffen vor zwei Wochen.

2020-07-01
Erstes Onlinetreffen aller Gruppen

Die Wissenschaft hat in den letzten Monaten große Änderungen gesehen. Viele Konferenzen wurden zu Online-Ereignissen, und man konnte sehen, daß diese Art von Treffen durchaus gut funktionieren. Klarerweise vermissen wir alle den persönlichen Kontakt, den wir normalerweise bei solchen Treffen pflegen, aber der wissenschaftliche Inhalt bleibt weiterhin exzellent.

Das gleiche gilt auch für das EPIC Netzwerk. Wir planten ein Treffen in Triest im June, jedoch wurde dieses auf einen späteren Zeitpunkt verschoben. Stattdessen hielten wir das erste Onlinetreffen mit Ciscos WebEx Plattform ab (von unseren Partnern in Salzburg zur Verfügung gestellt). Wir erhielten Neuigkeiten über den Fortschritt, den unsere Partner machten und nach 1.5 Monaten seit Arbeitsantritt gab auch Dr. Kerschbamer eine Präsentation mit ersten Analysen von öffentlichen Krebsdatenbanken

2020-05-20
Udine öffnet teilweise die Labore

Nach mehr als zwei Monaten Lockdown öffnen nun langsam wieder die Labors. Udine ist dabei, die Labors mit weniger Personal und im Schichtbetrieb zu betreiben. Andere werden diesem Modell folgen.

2020-05-18
Willkommen Dr. Emanuela Kerschbamer

Unsere Bioinformatikerin für Datenanalysen ist auf der Eurac angekommen. Ein herzliches Willkommen an Emanuela Kerschbamer. Dr. Kerschbamer besticht durch Wissen sowohl im Labor wie auch am Computer. Sie studierte Biologie und funktionelle Genomik in Bologna und Triest, und erwarb ihren Doktortitel an der Uni Padua, als sie im Zentrum für Forschung und Innovation an der Edmund Mach Stiftung in San Michele (Adige) arbeitete. Sie war weiters als Gastforscherin in Paris und Boston tätig. Nachdem sie einige Jahre als Post-doc an der Uni Trento beschäftigt war, wechselte sie nun zum EPIC Team im Mai 2020.

2020-03
SARS-CoV-2 trifft EPIC

Der Lockdown bedingt durch die größer werdende Pandemie trifft auch das EPIC Projekt. Labors wurden geschlossen, das Personal beginnt von zuhause aus zu arbeiten. Viele experimentell orientierte Forscher sind besorgt, daß die Forschung zum Stillstand kommen wird. Ohne Zugang zu den Labors haben wir Schwierigkeiten, die Experimente voranzutreiben. Momentan können wir uns in Bezug auf die Fachliteratur auf Vordermann bringen, einige Planungen angehen und Verwaltungsaufgaben erledigen. Für uns Bioinformatiker ist es leicht, von zuhause aus zu arbeiten, aber ohne neue Daten aus dem Labor werden wir vorerst weiterhin mit Analysen von öffentlichen Datenbanken fortfahren. Hoffen wir, daß unsere Biologen in nicht allzulanger Zeit wieder zurück ins Labor können.

2020-02-11
Server ist angekommen

Unser Rechenserver ist angekommen. Zeit, ihn aufzusetzen und ein paar Tests darauf laufen zu lassen. Mal sehen, wie die Sequenzierpipelines auf dieser Maschine skalieren.

2019-11-13
Erstes Treffen mit der bozener Verwaltungsbehörde

Unsere hier in Bozen ansässige Fondsverwaltung hat alle neuen Forschungsleiter der Interreg-Projekte zu sich eingeladen. Wir gaben eine Überblick über Krebs und Histonacetylasen und -deacetylasen und wie deren Inhibition dem Immunsystem helfen kann, Krebszellen erneut zu attackieren.

2019-10-21
Gemeinsames Kennenlernen in Udine

Unser leitender Partner in Udine, Claudio Brancolini, hat alle Partner zu einem ersten Treffen nach Udine eingeladen. Es tat gut, alle diesem Netzwerk angehörigen Forschungsleiter und deren Studenten persönlich zu treffen. Jeder Forschungsleiter präsentierte sich und sein/ihr Forschungsgebiet, und wie man am Projekt beitragen wird. Wir wurden auch über einige wichtige administrative Punkte informiert.

2019-10-14
Auf der Suche nach einem/einer motivierten Forscher/in für das EPIC Team

Das EPIC Projekt startete mit Ende September. In allen Labors werden Leute angestellt, und wir sind ebenfalls auf der Suche nach einem Post-doc für unser EPIC Team, siehe unsere Jobseite für die Ausschreibung.