Eurac Research gliedert sich in Institute und Center. Dem Präsidenten obliegt die Definition von Leitlinien für die Forschungsarbeit und die Verwaltung des Forschungszentrums, der Direktor setzt diese Leitlinien um.

Die Mitgliederversammlung von Eurac Research trifft sich einmal im Jahr, genehmigt die Bilanz, nominiert den Verwaltungsrat und den Überwachungsrat bzw. den Abschlussprüfer. Der Verwaltungsrat trifft sich regelmäßig, legt die Grundzüge der Forschungsarbeit fest, wählt die Leitungsgremien und erstellt die Jahresbilanz.

Die Wissenschaftlichen Beiräte lenken und überprüfen die getätigte Forschungsarbeit von Eurac Research. Die Wissenschaftlichen Beiräte, einer pro Institut, sind auch beratendes Organ für die Leitungsgremien in technisch-wissenschaftlichen Fragen. Eine Reihe von Research Support Abteilungen unterstützten die Forschungsarbeit von Eurac Research.