L'Istituto per l'ambiente alpino​ collabora con numerose istituzioni di ricerca nazionali ed internazionali, con università, enti pubblici ed aziende private:

• AGL Arbeitsgruppe für Landnutzungsplanung
• Alpine Space Programme
• Amt der Kärntner Landesregierung
• Amt der Salzburger Landesregierung
• Austrian Academy of Science
• Autonomous Province of Bozen - South Tyrol
• Bayerische Akademie für Naturschutz und Landschaftspflege (ANL)
• BOKU: University of Natural Resources and Applied Life Sciences, Vienna
• Bosch & Partner GmbH
• Cemagref - Institut de recherche en sciences et technologies pour l'environnement
• Consorzio Parco Nazionale dello Stelvio - National Park Stilfserjoch
• Duke University
• ETH Zurich - Swiss Federal Institute of Technology Zurich
• Federal Research and Training Centrefor Forests, Natural Hazards and Landscape (BFW)
• Fondazione Edmund Mach
• Free University of Bozen - Bolzano
• Friedrich-Alexander University of Erlangen- Nuremberg
• Georg-August-Universität Göttingen
• Global Mountain Biodiversity Assessment (GMBA)
• HLFS Kematen für Land- und Ernährungswirtschaft
• IER - Institute for Economic Research, Chamber of Commerce Bolzano/Bozen
• Ifuplan
• Imperial College London
• Instituto Pirenaico de Ecologia
• Julius-Maximilians-Universität Würzburg
• Laboratoire d'Ecologie Alpine, CNRS, Université Joseph Fourier
• Land Tirol
• Land- und Forstwirtschaftliches Versuchszentrum Laimburg
• Ländliches Fortbildungsinstitut Tirol (LFI)
• LFZ Raumberg-Gumpenstein
• Long-term Biodiversity, Ecosystem and Awareness Research Network (ALTER-Net)
• Ludwig-Maximilians-Universität München
• Museum of Nature South Tyrol
• Österreichische Vereinigung für Agrarwissenschaftliche Forschung (ÖVAF)
• Paul Scherrer Institute (PSI)
• Pädagogisches Institut für die deutsche Sprachgruppe (PI)
• RaumUmwelt®Planungs-GmbH
• Scientific Research Centre of the Slovenian Academy of Sciences and Arts
• Società Italiana di Ecologia (S.It.E.)
• Südtiroler Bauernbund
• Tirolean State Museums Ltd.
• TUM Technische Universität München
• Umweltbüro Klagenfurt
• Unione Nazionale Comuni Comunità Enti Montani (UNCEM)
• Università Ca' Foscari Venezia
• Università degli Studi di Parma
• Università degli Studi di Trento
• Università degli Studi di Trieste
• Università di Ferrara
• Universität Augsburg
• Universität Basel
• Universität Bayreuth
• Université Grenoble Alpes
• Universität Innsbruck
• WIFO - Österreichisches Institut für Wirtschaftsforschung

Il Comitato Scientifico dell'Istituto per l'ambiente alpino​ si compone di 4 scienziati di fama internazionale. L'organo si riunisce una volta l'anno nella sede dell'Eurac Research al fine di valutare le attività dell'Istituto, sia quelle in corso che quelle concluse, e di presentare i propri pareri e raccomandazioni per i progetti di ricerca futuri. I membri del Comitato Scientifico rimangono in carica 3 anni.

Attualmente il Comitato si avvale della partecipazione dei seguenti scienziati:

• Michele Freppaz (Università degli Studi di Torino)
• Dean Jacobsen (University of Copenhagen)
• Virna Bussadori (Provinz Bozen)
• Ignacio Palomo (Université Grenoble Alpes)
• Monika Egerer (Technische Universität München)

Ex membri del Comitato Scientifico:

2013 - 2016

• Prof. Jill Baron
• Dr. Josef Dalla Via
• Prof. Renato Gordel
• Prof. Massimo Tagliavini

2009 - 2012

• Dr. Josef Dalla Via
• Prof. Renato Gordel
• Dr. Eva Spehn
• Prof. Massimo Tagliavini

2005 - 2008

• Dr. Walter Huber
• Prof. Pier Luigi Nimis
• Dr. Eva Spehn

2001 - 2004

• Dr. Walter Huber
• Prof. Pier Luigi Nimis
• Dr. Veronika Stöckli
• Dr. Erwin Stucki

1999 - 2000

• Prof. Walter J. Ammann
• Dr. Roland Dellagiacoma
• Prof. Sandro Pignatti
• Dr. Erwin Stucki

1995 - 1998

• Dr. Mario F. Broggi
• Prof. Alexander Cernusca
• Dr. Roland Dellagiacoma
• Prof. Florin Florineth
• Dr. Giorgio Pasquali
• Prof. Sandro Pignatti