Questo progetto è finanziato dal fondo ERDF / Interreg V-A Italy-Austria 2014-2020.

https://www.keep.eu/project/23676/epigenetics-of-immunity-in-cancer

https://uni-salzburg.elsevierpure.com/de/projects/epigenetic-regulation-of-immunity-in-cancer

http://www.interreg.net/de/progettazione.asp

https://qui.uniud.it/notizieEventi/ricerca-e-innovazione/epic-la-ricerca-sul-cancro-ha-un-alleato-in-piu

2024-03-22
Pubblicazione

Il progetto EPIC si è chiuso ufficialmente piu di un anno fa, ma il lavoro di analisi dei dati è andato avanti. La dott.ssa Kerschbamer, ex collaboratrice del progetto, si è trasferita presso il laboratorio partner di Udine e ha continuato il suo lavoro in collaborazione con la dott.ssa Gagliano sui cambiamenti dell'accessibilità del DNA indotti dagli inibitori HDAC in pazienti con tumori del colon-retto. I risultati di questo lavoro sono stati pubblicati all'inizio di marzo sulla rivista Biomedicine & Pharmacotherapy.

2023-11-09
Si continua!

Il 20 ottobre la segreteria centrale dell'ufficio Interreg di Bolzano ha reso noto l'elenco delle sovvenzioni approvate in questa tornata di finanziamenti.

Il nostro progetto SENECA rientra in questo elenco! Ci stiamo quindi preparando per l'avvio del progetto e presto pubblicheremo le novità sul nuovo blog di SENECA.

2023-04-19
Ci sarà una continuazione?

Oggi a mezzogiorno è scaduto il termine per la sottomissione delle proposte progettuali per la prima tornata del nuovo programma Interreg VI-A IT-AT 2021-2027. Visto che abbiamo una rete di partner ancora attiva, abbiamo presentato ad un progetto chiamato SENECA che mira a caratterizzare l'influenza di un sistema cellulare che invecchia, in particolare un sistema immunitario, sullo sviluppo del cancro. Ad oggi esistono composti che smorzano l'effetto dell'invecchiamento nelle cellule e, in una seconda fase, vogliamo migliorare questi agenti studiandone l'effetto a livello cellulare olistico. Dita incrociate!

2023-02-07
Pubblicazione

Nonostante il progetto sia ufficialmente chiuso, gennaio è stato comunque un mese impegnativo per i collaboratori di EPIC. Ci siamo occupati del report annuale e abbiamo lavorato alla revisione di un manoscritto sulla leucemia mieloide acuta (AML) condotto dal laboratorio di Jutta Horejs-Hoeck di Salisburgo. Siamo lieti di annunciare che questo lavoro sugli inibitori HDAC nelle linee cellulari AML è stato pubblicato oggi sulla rivista scientifica Cancers.

2023-01-16
Fine del progetto

Con la fine del 2022 il progetto EPIC è ufficialmente giunto al termine. Stiamo lavorando alla stesura del report annuale e ad alcune pubblicazioni. Piccoli aggiornamenti continueranno ad essere pubblicati su questa pagina.

2022-11-06
Ritrovo a Bolzano

Il team del progetto EPIC si è riunito per la prima volta a Udine il 21 ottobre 2019. Nessuno avrebbe pensato che ci saremo incontrati di nuovo di persona dopo tre anni. Il 4 e 5 novembre siamo stati contenti di incontrare personalmente tutti i collaboratori del progetto EPIC in occasione del meeting al NOI tech park, che ci ha dato anche la possibilità di mostrare la nuova sede dell' Istituto di Biomedicina. Il programma era ricco di presentazioni e discussioni che sono proseguite vivacemente durante la nostra visita törggelen a Oberfinser a Ponte Gardena/Lajon. Il progetto EPIC terminerà in dicembre 2022, ma siamo tutti entusiasti di partecipare al nuovo bando Interreg IT-AT in arrivo.

2022-10-28
EPIC workshop in Bolzano

Venerdì e sabato, 4 e 5 novembre, ci riuniremo per il nostro ultimo workshop di EPIC prima della fine del progetto. Il workshop si terrà al NOI Teckpark di Bolzano. Non vediamo l'ora di discutere con entusiasmo di scienza insieme ai nostri partner di progetto e di poter interagire coi i membri della nostra rete.

2022-09-01
Un racconto della ricerca sul cancro

A seguito del comunicato stampa rilasciato a fine marzo scorso, siamo stati contattati da Nicole Dominique Steiner, caporedattore di "Die Chance"/"La Chance", una rivista locale pubblicata da Assistenza Tumori Alto Adige. Questo ha portato a un racconto dalla prospettiva dei pazienti ammalati di tumore che è stata pubblicata nell’edizione di agosto 2022 (oppure è disponibile nell’archivio 2022).

2022-03-22
Pubblicazione

Un composto chimico chiamato "NKL54" cambia il programma epigenetico in cellule di leiomiosarcoma: la rivista Nucleid Acids Research (NAR) ha accettato la nostra pubblicazione che è andata in stampa ieri. Volete saperne di più senza leggere l'articolo? È disponibile un riassunto in inglese e il comunicato stampa in tedesco e italiano.

2022-01-13
EPIC nel suo ultimo anno

Benvenuti nel 2022, l'ultimo anno del progetto EPIC. Ancora lontani dal pensare di terminare il progetto a breve, abbiamo da poco inviato nuovamente al giornale Nucleic Acids Research (NAR), il manoscritto riguardante gli inibitori delle deacetilasi dopo una lunga fase di revisione (vedi il nostro blog post del 2021-07-26). Inoltre, abbiamo ripreso la nostra collaborazione con il gruppo di immunologia a Salisburgo: utilizzeremo un dataset di spettrometria di massa per studiare gli effetti di due inibitori delle HDAC sulla produzione di proteine in cellule di leucemia mieloide acuta (AML).

2021-10-22
Grazie per la vostra visita al NOI

È stato fantastico vedere tanti visitatori interessati al nostro stand EPIC al NOI techpark venerdì e sabato. Abbiamo parlato con tanti studenti curiosi e una varietà di persone ci ha fatto domande. Grazie a Emanuela Kerschbamer per essersi occupata della parte italiana della nostra presentazione in italiano e tedesco! Le nostre due animazioni sono disponibili per il download: il filmato histone-dna.mp4 mostra il nucleosoma in cui il DNA è avvolto intorno a proteine chiamate istoni. Il filmato hdac-saha.mp4 mostra una proteina HDAC con l'inibitore SAHA che ne blocca il sito catalitico. Entrambi si visualizzano meglio in un loop infinito nel vostro programma video preferito.

2021-10-13
EPIC alla fiera di progetti NOI

Avete delle curiosità sul progetto EPIC? Volete saperne di più e parlare con noi? La fiera annuale dei progetti finanziati dal fondo europeo per lo sviluppo regionale, il 22 ottobre, è l'occasione perfetta per incontrarci. Presentiamo EPIC allo stand 13. Ci vediamo lì!

2021-08-10
Il progetto EPIC sarà prorogato

Oggi abbiamo ricevuto l’OK dai nostri finanziatori di Interreg: il progetto EPIC sarà esteso di nove mesi, il nuovo termine sarà il 31 dicembre 2022. Sono ottime notizie e siamo felici di poter recuperare il tempo perso a causa delle chiusure e rallentamenti durante la pandemia.

2021-07-26
Sottomissione del manoscritto

Finalmente abbiamo sottomesso il manoscritto in cui abbiamo comparato la risposta cellulare a diversi inibitori delle HDAC tramite RNA-seq, ChIP-seq e vari saggi chimici. Il lavoro è completo e nella parte finale ci focalizziamo su un piccolo inibitore chiamato NKL54. Abbiamo puntato in alto e sottomesso alla rivista Nucleic Acids Research (NAR). Incrociamo le dita!

2021-07-19
Terzo seminario virtuale tra tutti i partner

Oggi abbiamo avuto il terzo workshop Interreg. I partner di Salisburgo e Udine hanno presentato le loro attività, sfortunatamente il partner di Trieste era assente per malattia. Auguriamo un pronto recupero e attendiamo il prossimo meeting per sapere cosa succede nei laboratori di Trieste. La dottoressa Kerschbamer ha fatto un'elaborata presentazione riassumendo il nostro contributo al manoscritto su RNA-seq e due piccole analisi per il gruppo di immunologia di Salisburgo. La cosa interessante è che le seconde sono derivate dai risultati ottenuti dalla prima: osservazioni provenienti dagli esperimenti di RNA-seq sono translate in possibili esperimenti in laboratorio per la parte di immunologia!

2021-07-09
Annuncio convegno autunno

Stiamo preparando un convegno online aperto a tutti. Si terrà il 5 ottobre alle 14.00. Ci saranno cinque presentazioni in totale. Altre informazioni arriveranno qui sul blog!

2021-05-28
Amministrazione scientifica

La maggior parte delle persone pensa che gli scienziati lavorino al bancone in laboratorio, facendo esperimenti, o siedano davanti al computer lavorando su problemi teorici. Questo è in gran parte vero, ma la scienza ha anche bisogno di un lato amministrativo. Pianificare, coordinare e riferire agli stakeholder sono compiti che sono svolti alla scrivania (di casa). Dato che il progetto EPIC è finanziato da Interreg V-A Italia-Austria, che è uno specifico fondo regionale europeo, c’è un particolare interesse nelle nostre attività dal punto di vista dell’agenzia finanziatrice. Il progetto sta progredendo come descritto nel programma? I vari partner collaborano produttivamente? Come sono spesi i fondi? Ogni sei mesi tutti i partner consegnano i loro resoconti (coordinati dal partner principale ad Udine) ai loro uffici regionali dell’agenzia finanziatrice perchè siano valutati. Esattamente questo è quello che sta succedendo ora alla fine di maggio: stiamo descrivendo formalmente i progressi che abbiamo fatto nel nostro progetto EPIC.

2021-05-18
Auguri, Emanuela!

Oggi è un giorno speciale: Dott.ssa Kerschbamer è entrata nel progetto esattamente un anno fa!

2021-02-04/02-23/04-01/04-16
Meeting online con i collaboratori di Udine

È arrivato il momento di scrivere un articolo. Abbiamo già avuto una serie di incontri con il gruppo di Udine, leader del progetto, che è anche la principale forza trainante di questo lavoro. Stiamo interpretando i cambiamenti nell’espressione genica derivanti da diverse classi degli inibitori delle deacetilasi, in cellule di leiomiosarcoma, che stanno alla base degli esperimenti di RNA-seq menzionati in precedenza. Potremmo avere alcuni geni candidati interessanti, ma questo è un punto che dobbiamo approfondire. In generale, sembra che in questi giorni si stia assemblando un interessante articolo frutto della collaborazione tra wetlab e bioinformatica.

2020-12-23
Meeting online con i collaboratori di Udine

Nell'ultimo giorno lavorativo dell'anno siamo ancora completamente concentrati sul progetto EPIC con un altro meeting. Oggi abbiamo osservato i cambiamenti nell'espressione genica in comune tra i vari inibitori delle HDAC. È interessante vedere un cambiamento sostanziale dell'espressione genica già dopo 6 ore dall'inibizione. Forse i cambiamenti condivisi ci potranno portare a un primo semplice segnale identificativo dell'inibizione.

2020-12-11
Meeting online con i collaboratori di Udine

All'inizio di ottobre abbiamo ricevuto il nostro primo dataset di RNA-seq da Udine. Un paio di campioni sono stati risequenziati e ora li guardiamo più in dettaglio rispetto a quanto abbiamo potuto fare nel nostro workshop virtuale. Oggi compariamo due diversi approcci all'analisi dei dati di sequenziamento e ci accordiamo sui prossimi passaggi. Prima di Natale avremo un altro meeting per fare il punto sulle analisi.

2020-12-03
Secondo seminario virtuale tra tutti i partner

Oggi si è tenuto il secondo meeting tra tutti i partner di EPIC. Non c'è bisogno di dirlo, è stato ancora virtuale. Abbiamo seguito in tutto sette presentazioni nel corso di questo meeting durato quattro ore. È positivo vedere come i diversi filoni del progetto convergono nell'obiettivo generale di migliorare l'inibizione delle deacetilasi istoniche. La dott.ssa Kerschbamer ha riassunto il nostro lavoro di collaborazione con Salisburgo, per poi entrare nel dettaglio dell'analisi di RNA-seq, con cui ha indagato la risposta cellulare all'inibizione delle deacetilasi istoniche, utilizzando un dataset proveniente dal laboratorio di Udine.

2020-10-21
Meeting online con i collaboratori di Salisburgo

Nel nostro incontro mensile con i collaboratori di Salisburgo, abbiamo identificato un interessante piano sperimentale che può sfruttare i dati di siti di legame di fattori di trascrizione che abbiamo ottenuto di recente e di cui abbiamo discusso durante il meeting.

2020-10-08
Il primo dataset è arrivato

Abbiamo ricevuto il nostro primo dataset di sequenziamento del trascrittoma da parte dei collaboratori di Udine. I dati riguardano esperimenti con inibitori delle deacetilasi istoniche e il campionamento di RNA nelle cellule dopo 6 e 24 ore di trattamento.

2020-09-16
Meeting online con i collaboratori di Salisburgo

Via al prossimo giro di scambi scientifici con i collaboratori di Salisburgo. Questa volta la dott.ssa Kerschbamer ha presentato i primi test di un programma che individua i tipi di cellule del sistema immunitario presenti da RNA sequenziato da un mix di cellule, in questo caso abbiamo deciso di osservare campioni di tumore al colon-retto. Ha poi mostrato come possiamo usare il nostro pannello di geni del sistema immunitario nel restringere i risultati dell'analisi di espressione genica differenziale.

2020-08-05
Il poster è arrivato

Anche se molti di noi stanno lavorando da casa, ogni tanto passiamo nel nostro luogo di lavoro. Per coincidenza, oggi eravamo al lavoro ed è arrivato il nostro poster EPIC, fresco di stampa.

2020-08-05
Prossimo meeting online con i nostri collaboratori di Salisburgo

Il nostro scopo è di incontrare i collaboratori di Salisburgo una volta al mese. Nel meeting di follow-up di oggi la dott.ssa Kerschbamer ha presentato dati di espressione di geni del sistema immunitario di vari tipi di tumore.

2020-07-15
Intensificazione della collaborazione con Salisburgo

Dopo l'ultimo meeting con tutti i collaboratori, ci siamo resi conto che i partner di Salisburgo hanno qualche interessante domanda scientifica a cui noi a Bolzano possiamo aiutare a rispondere. Quindi oggi c'è stato il primo meeting tra Bolzano e Salisburgo, fortificando l'asse nord-sud della nostra rete. In questo meeting abbiamo stabilito un contatto più ravvicinato e iniziato a capire meglio i dettagli delle domande su cui i gruppi di Salisburgo stanno lavorando. La dottoressa Kerschbamer ha dato aggiornamenti sulla presentazione che aveva fatto due settimane prima durante il meeting con tutti i collaboratori.

2020-07-01
Primo meeting online di tutti i gruppi

Durante gli ultimi due mesi la scienza ha visto grandi cambiamenti. Molte conferenze si sono trasformate in eventi online, ed abbiamo visto che questo tipo di incontri funziona abbastanza bene. Sicuramente a tutti manca il contatto personale che di solito si sviluppa durante questi incontri, ma il contenuto scientifico rimane eccellente.

Lo stesso è successo alla nostra rete EPIC. Avevamo programmato un incontro a Trieste in giugno, ma è stato posticipato ed abbiamo avuto un meeting online usando la piattaforma Cisco WebEx (resa disponibile dai collaboratori di Salisburgo). Ogni collaboratore ha aggiornato gli altri e dopo un mese e mezzo, la dott.ssa Kerschbamer del nostro team EPIC di Bolzano ha presentato le prime analisi sui database pubblici di dati sul cancro.

2020-05-20
Udine riapre parzialmente i laboratori

Dopo più di due mesi di lockdown, i laboratori dei nostri collaboratori stanno lentamente riaprendo. Udine sta riaprendo il laboratorio con personale ridotto e lavorando a turni. Altri seguiranno questo modello.

2020-05-18
Benvenuta Dott.ssa Emanuela Kerschbamer

Il nostro bioinformatico per l'analisi dei dati è arrivato all'Eurac. Un caldo benvenuto a Emanuela Kerschbamer. La dott.ssa Kerschbamer si è formata sia in laboratorio che nelle analisi in silico. Ha studiato biologia e genomica funzionale a Bologna e Trieste e ha ottenuto il dottorato di ricerca dall' università di Padova lavorando al Centro Ricerca e Innovazione della Fondazione Edmund Mach a San Michele all'Adige. Inoltre è stata ospite nei laboratori di Parigi e Boston e dopo qualche anno di post'doc all'università di Trento, si è aggiunta all team EPIC a maggio 2020.

2020-03
SARS-CoV-2 colpisce EPIC

Il lockdown dovuto alla pandemia in espansione ha colpito anche il progetto EPIC. I laboratori sono stati chiusi e le persone stanno iniziando a lavorare in remoto. Molti ricercatori sperimentali nel mondo sono preoccupati che la ricerca si fermerà. Senza accesso ai laboratori, sarà difficile portare avanti gli esperimenti. Al momento possiamo recuperare la letteratura scientifica, pianificare i prossimi esperimenti e fare pratiche amministrative. Per noi bioinformatici è facile stare a casa a lavorare, ma senza ricevere dati dai laboratori, dobbiamo continuare a sfruttare le informazioni presenti in database esterni. Speriamo che i nostri biologi possano tornare presto in laboratorio.

2020-02-11
Il server è arrivato

Il nostro server di calcolo è arrivato. È il momento di configurarlo e fare qualche test. Vedremo come le pipeline delle analisi di sequenziamento lavorano su questa macchina.

2019-11-13
Primo incontro con l'amministrazione di Bolzano

Gli amministratori locali dei fondi di Bolzano hanno invitato tutti i capigruppo dei nuovi progetti Interreg nel loro ufficio. Abbiamo presentato una panoramica sul cancro e le acetilasi, deacetilasi istoniche e su come l'inibizione di queste potrebbe aiutare il sistema immunitario ad attaccare le cellule tumorali.

2019-10-21
Primo incontro a Udine

Il nostro principale collaboratore a Udine, Claudio Brancolini, ha invitato tutti i collaboratori ad un primo incontro. È stato bello vedere tutti i capigruppo e gli studenti coinvolti nella nostra rete di collaborazione. Ogni capogruppo ha presentato brevemente la propria area di competenza e come intende contribuire al progetto. Siamo anche stati informati su importanti questioni amministrative.

2019-10-14
Alla ricerca di un/a ricercatore/trice motivato per il team EPIC

Il progetto EPIC è iniziato alla fine di settembre. Tutti i laboratori stanno assumendo persone nuove e anche noi stiamo cercando un post-doc da aggiungere al nostro EPIC team. Controlla la nostra pagina "Jobs" per l'assunzione in corso.