Quello della cooperazione transfrontaliera è un tema chiave degli studi sul federalismo. Per questo motivo, l’Istituto si occupa di questa tematica e pubblica volumi sul tema già da diversi anni. Dal 2012 - anno in cui è sorto questo specifico focus di ricerca - il progetto intende analizzare, in chiave comparata, vantaggi e svantaggi del fenomeno della cooperazione transfrontaliera rendendo l’istituto un centro di expertise a cui possano fare riferimento, da un lato, le amministrazioni territoriali e i politici e, dall’altro, la comunità scientifica internazionale.

Nel 2006 è stato approvato il regolamento comunitario che istituisce il Gruppo europeo di cooperazione territoriale (GECT), modificato poi nel 2013. Questo strumento amplia di molto le possibilità di cooperazione transfrontaliera. Nel 2011 il governo italiano ha approvato lo statuto del GECT "Euroregione Tirolo-Alto Adige-Trentino”.

A tal proposito, il progetto di ricerca analizza, da un punto di vista comparato, se e in che misura la fondazione del GECT “Euroregione Tirolo-Alto Adige-Trentino” ha contribuito ad uno sviluppo della collaborazione tra i territori collocati intorno all’area del Brennero. Vengono analizzati ad esempio gli obiettivi ed i compiti così come definiti nello statuto del GECT e l’interazione esistente tra l’Euroregione e la Regione Trentino-Alto Adige/Südtirol.

Nell’ottica della comparazione giuridica l’attenzione si rivolge anche ad altri GECT presenti in Europa, tra cui quelli relativi a territori paragonabili caratterizzati da problematiche etnico-minoritarie. Infatti, mentre inizialmente la cooperazione transfrontaliera è stata utilizzata, in territori dotati di minoranze, come uno degli strumenti di riunificazione con la madre patria, oggi invece il GECT si prefigge come obiettivo primario lo sviluppo economico, culturale e sociale delle aree che interessa. L’Istituto studia il GECT anche quale potenziale luogo di sperimentazione di nuove forme di governance e di innovazione istituzionale (si pensi a strumenti di democrazia diretta e partecipativa). Il progetto apre quindi lo spazio anche per interazioni con l’area di ricerca “Istitutional Innovation”.

L'Istituto svolge attività di ricerca sullo spefico tema della cooperazione transfrontaliera sanitaria, in particolare nell'area del Brennero, ed è parte della Rete Italiana per la COoperazione Sanitaria Transfrontaliera (RI-COST) coordinata dal centro di ricerca ISSIRFA-CNR di Roma.

L’Istituto collabora regolarmente con l'ufficio comune dell’Euregio Tirolo-Alto Adige-Trentino, che ha sede all’EURAC.

Di seguito alcune tra le attività piú importanti:

• nuovo progetto di ricerca nell'ambito delle strategie macro-regionali dell'unione Europea
• Discussione con esperti dell'Universitá di Erlangen/Germania e dell'Istituto per lo sviluppo regionale e del management del territorio dell'EURAC sul tema della cooperazione transfrontaliera nelle Alpi, 25.09.2015,  http://regdev-blog.eurac.edu/ueber-grenzen-hinweg-zusammenarbeiten-alpen/
• Workshop “Comparing Experiences of Cross-border Science Regions: EGTCs and other Forms of Transnational Networks”, 08.06.2015, EURAC
• Pubblicazione: “Functional and More? New potential for the European Grouping of Territorial Cooperation - EGTC”, a cura di Alice Engl and Carolin Zwilling, EURAC book 63, Bolzano 2014.
• Convegno "Federalismo fiscale e autonomie territoriali: lo stato dell'arte nell'Euroregione Tirolo-Alto Adige-Trentino", 14 maggio 2012, EURAC.
• Meeting tra esperti del Gruppo Europeo di Cooperazione Territoriale (GECT), 20 aprile 2012, EURAC.
• Pubblicazione: "Federalismo fiscale e autonomie territoriali: Lo stato dell'arte nell'Euregio 'Tirolo-Alto Adige/Südtirol-Trentino'", a cura di Francesco Palermo, Sara Parolari e Alice Valdesalici, Cedam 2013.