L'Osservatorio sull'Autonomia si propone di seguire a livello scientifico lo sviluppo dell'autonomia della Provincia Autonoma di Bolzano/Bozen, della Provincia Autonoma di Trento e della Regione Trentino-Alto Adige/Südtirol. L'Istituto effettua, in una prospettiva di medio-lungo periodo, l'analisi di temi di attualità e di interesse per la comunità scientifica, ma anche per funzionari della pubblica amministrazione e per l'intera cittadinanza.

L'Istituto si é occupato negli ultimi anni, tra l’altro, di investigare il possibile impatto dei progetti di riforma costituzionale proposti e adottati a livello nazionale sull'autonomia speciale di questo territorio.

Alla ricerca di base si associa lo svolgimento di ricerca applicata (consulenze) per enti territoriali locali e regionali/provinciali nonché per istituzioni nazionali ed internazionali, oltre ad attivitá divulgativa attraverso pubblicazioni e lezioni nelle scuole. Le attività vengono svolte in italiano, tedesco e inglese.

Uno dei progetti in cui l'Istituto è stato coinvolto negli ultimi anni riguarda lo studio dell'impatto dell'adesione dell'Italia all'Unione Europea sulla distribuzione delle competenze tra le due Province autonome e lo Stato. Dopo i primi due volumi pubblicati nel 2015, uno in italiano e uno in tedesco, un terzo volume pubblicato nel 2019 in tedesco si é concentrato su specifici ambiti di competenza provinciale (W. Obwexer, E. Happacher, C. Zwilling (Hrsg), EU-Mitgliedschaft und Südtirols Autonomie II, Verlag Österreich, 2019).